Założony został w 1995 r. przez o. Macieja Ziębę OP, a jego początki związane są z listem apostolskim Jana Pawła II „Tertio millennio adveniente” z 1994 r. Instytut powołano do istnienia jako jedną z przestrzeni przygotowań do Wielkiego Jubileuszu Roku 2000. Potem jednak – z inspiracji papieskimi słowami z kolejnego listu, „Novo millennio ineunte” – działalność kontynuowano, podejmując kolejne wyzwania.