Ksiądz infułat zetknął się z Ojcem Świętym także podczas Międzynarodowego Kongresu Eucharystycznego we Wrocławiu, a dużo wcześniej – jeszcze przed wyborem na Stolicę Piotrową – podczas studiów w Rzymie. Mieszkał wówczas w Kolegium Polskim, gdzie podczas sesji Soboru Watykańskiego II zatrzymywali się niektórzy ojcowie soborowi. Pewnego razu abp Karol Wojtyła gościł tam akurat w dniu swoich imienin. Młodzi księża złożyli mu życzenia, śpiewając dość nietypową jak na tę okazję, żartobliwą piosenkę: „zapamiętaj sobie jaki taki coś się klechom dał we znaki choćbyś im prałata dawał, już nie weźmiesz nas na kawał” – Abp Wojtyła szczerze nam za ten śpiew podziękował, ale obecni w Kolegium mieli miny niemal jak żona Lota zmieniona w słup soli – wspomina jubilat. Nie obyło się bez wyrzutów i oskarżeń, że zachowali się jak sztubaki.

Świecenia kapłańskie przyjął ostatecznie diakon Leon 16 lutego 1958 r., w niedzielę tuż po swoich urodzinach, przypadających 10 lutego. Pierwsze dwa lata po święceniach kapłańskich wypełniła księdzu Czai posługa prefekta w seminarium. Następnie rozpoczął na KUL-u studia z teologii pastoralnej – by po roku, po uzyskaniu paszportu, kontynuować naukę w Rzymie. W tym samym czasie do Wiecznego Miasta pojechał również ks. Józef Pazdur. Przyszły biskup zgłębiał teologię moralną, ks. Czaja poświęcił się liturgice. Spędził w Rzymie 5 lat – najpierw uzyskując licencjat z teologii, następnie doktorat w Papieskim Instytucie Liturgiki w Rzymie. – Pisałem o tajemnicy Wcielenia w świetle określonych źródeł, dotyczących głównie rzymskiej liturgii. Temat wymagał zgłębienia wielu pism z dziedziny patrystyki, patrologii – mówi ks. L. Czaja. – Tajemnicy Wcielenia ojcowie Kościoła poświęcali dużo uwagi. Ukazywali, co uzyskała natura ludzka dzięki temu, że przyjął ją Syn Boży, identyfikując się z całym rodzajem ludzkim. Natura ludzka została przez Niego uświęcona. My ją tu „nosimy”, ale ona – dzięki Chrystusowi – już jest w niebie. Doświadczyła zmartwychwstania, wniebowstąpienia... Wcielenie otwiera przed nami niezmierzone perspektywy.

Po studiach w Rzymie kapłan rozpoczął niespełna 3-letnią posługę jako wikariusz w parafii katedralnej. Katechizował klasy 7 i 8 – wówczas już w salkach parafialnych. Wcześniej, jeszcze jako diakon oczekujący na święcenia, uczył religii w szkole podstawowej znajdującej się na terenie ówczesnej parafii dominikańskiej.

Pamięta stamtąd pewną niezwykle pilną uczennicę. „Dlaczego ksiądz mnie nie dopuści do Pierwszej Komunii Świętej?” – zapytała kiedyś. „A kto ci tak powiedział?” – zdziwił się katecheta. „Jeszcze mnie ksiądz ani razu nie pytał…” „Ja po oczach widzę, że jesteś przygotowana”. Dziewczynka wspomniała jednak, że tato w domu wciąż dowiaduje się, czy ksiądz ją już pytał. W takiej sytuacji ks. Leon umówił się z uczennicą na odpytywanie. „Ale niech mnie ksiądz na poważnie pyta” – zażądała, uznając pierwsze pytania za zbyt łatwe. „A to pytanie jest źle postawione, w katechizmie jest inaczej” – stwierdziła po chwili; a potem, wobec kolejnych usiłowań kapłana: „Czy ksiądz myśli, że jest w tym katechizmie pytanie, na które nie odpowiem”? „Mam wrażenie, że nie znajdę takiego” – przyznał.

Dalsza rozmowa wykazała, że zna świetnie katechizm dzięki tacie, który wieczorami odpytuje ją na wyrywki. Co ciekawe, tato był pracownikiem wojewódzkiego komitetu PZPR we Wrocławiu... Z czasem dziewczynka poprosiła, by ks. Leon pomógł jej rodzicom w zawarciu ślubu kościelnego. Po rozmowie z mamą udało się do tego doprowadzić – z dala od Dolnego Śląska, by ojca nie spotkały szykany w pracy.

Przez długie lata ks. L. Czaja wykładał liturgikę w seminarium wrocławskim. Każdą z pełnionych funkcji traktował bardzo poważnie – stawiał więc przed uczniami określone wymagania. Chętnie pisali u niego prace magisterskie. Już jako początkujący wykładowca miał zawsze od 15 do 25 seminarzystów przygotowujących ją pod jego kierunkiem. Był w tym gronie także ks. Aleksander Radecki, wikariusz biskupi ds. duchowieństwa, który wspomina cenne wskazówki metodologiczne liturgisty. Dodaje, że obecność powszechnie szanowanego kapłana była przez długie lata czymś oczywistym dla kolejnych pokoleń kleryków (i nie tylko). – Kiedyś, na św. Mikołaja, przygotowali żartobliwą scenkę na ten temat: wykopano mumię sprzed 3 tys. lat, a ona przemówiła: „A ks. Czaja jeszcze uczy?” Było to powiedziane z wielką życzliwością i respektem – dodaje.

– Czas pracy w seminarium (prawie 30 lat) wspominam z wielką sympatią; podobnie jak zajęcia na studium katechetycznym – mówi jubilat, opowiadając mnóstwo anegdotek z tego okresu. Opowiada, jak mobilizował matkę prowincjalną jednego ze zgromadzeń zakonnych, by stworzyła siostrom warunki do nauki. Pamięta też pielęgniarki, które były bardzo gorliwymi studentkami. Tłumaczyły, że pacjenci często proszą je o rozmowy na tematy religijne.