Ufundowany przez bp. Andrzeja Jerina (biskup wrocławski w latach 1585–1596) ołtarz główny wpisywał się w jego dążenia do odnowy diecezji, do przypomnienia tożsamości katolickiej wspólnoty, której centrum jest katedra. Ołtarz od 1591 r. towarzyszył liturgii. W jego sercu, w szafie ołtarzowej, znalazł się ukrzyżowany Chrystus ze swoją Matką i św. Janem. Dalej, na skrzydłach pentaptyku, przedstawiono świętych patronów, następnie sceny z życia św. Jana Chrzciciela i ojców Kościoła.