Zastąpił w tej roli abp. Marka Jędraszewskiego. Natomiast nowym przewodniczącym KEP został abp Tadeusz Wojda SAC. W Konferencji Episkopatu Polski abp Józef Kupny jest członkiem Rady Stałej KEP oraz zespołu przy delegacie KEP ds. Duszpasterstwa Emigracji Polskiej. Jest także delegatem KEP ds. Duszpasterstwa Ludzi Pracy, a także ds. Duszpasterstwa Przedsiębiorców i Pracodawców.