Arcybiskup Józef Kupny powołał 18 czerwca pięć komisji synodalnych i mianował ich przewodniczących. Komisje zajmą się tematyką, która została wskazana w syntezach parafialnych i tematycznych.
Powołane zostały następujące komisje:
Komisja synodalna 1: „Synodalna parafia misyjna”. Jej zadanie to opracowanie nowego modelu synodalnej parafii misyjnej, w której współuczestniczą kapłani, osoby świeckie i konsekrowane. Podejmie temat szerokiego zaangażowania parafian w życie wspólnoty (liturgia, duszpasterstwo, ekonomia), wdrożenia rad duszpasterskich, ekonomicznych, metody wspólnotowego rozeznawania („Rozmowa w Duchu Świętym”) i współpracy w dekanacie. Jej przewodniczącym jest ks. Janusz Gorczyca, proboszcz parafii pw. św. Maurycego we Wrocławiu.
Komisja synodalna 2: „Misja współdzielona – formacja do posługi w Kościele”. Jej zadanie to opracowanie programu formacji posługujących w Kościele, w sposób szczególny katechistów, animatorów małych grup i wspólnot, członków rad duszpasterskich i ekonomicznych, osób zaangażowanych w katechumenat parafialny i liturgię, odpowiedzialnych wspólnot. Zajmie się również tematem diecezjalnego ośrodka formacji i modlitwy, który pomoże zrealizować powyższe cele. Jej przewodniczącym jest bp Maciej Małyga.
Komisja synodalna 3: „Wspólna troska – Finanse i administracja”. Jej zadanie to uporządkowanie struktur diecezji, uwzględniając konieczność współodpowiedzialności w finansowaniu parafii, przejrzystość w zakresie finansów i podejmowanych decyzji na poziomie parafii oraz diecezji, potrzebę uwzględnienia wyzwań materialnych i duszpasterskich małych parafii i tych położonych na terenach wiejskich. Zajmie się także tematem pomocy specjalistycznej, m.in. prawnej i ekonomicznej. Jej przewodniczącym został ks. Stanisław Stelmaszek, dyrektor wydziału finansowo-gospodarczego Kurii Metropolitalnej, proboszcz parafii pw. Niepokalanego Serca Najświętszej Maryi Panny w Siechnicach.
Komisja synodalna 4: „Christus vivit – wprowadzenie w chrześcijaństwo”. Przygotuje ona program katechumenatu parafialnego ochrzczonych (dzieci przed I Komunią Świętą i ich rodziców, młodzieży przed bierzmowaniem, rodziców dzieci przed chrztem, narzeczonych przed małżeństwem). Jej zadaniem jest także opracowanie programu katechumenatu dorosłych, a także wsparcie dla katechetów pracujących w szkole. Jej przewodniczącym jest o. Oskar Maciaczyk OFM, rektor Wyższego Seminarium Duchownego Franciszkanów Prowincji św. Jadwigi Zakonu Braci Mniejszych
Komisja synodalna 5: „Młode wino, nowe bukłaki – Ewangelizacja”. Jej zadaniem jest opracowanie nowych dróg ewangelizacji, w perspektywie Wielkiego Jubileuszu 2033. Komisja zajmie się także rolą wspólnot w życiu diecezji oraz przygotowaniem platformy medialnej służącej informacji, ewangelizacji i formacji. Jej przewodniczącym został Tomasz Piechnik, odpowiedzialny za wspólnotę „Hallelu Jah”.
Już od dnia otwarcia synodu pracują komisje teologiczna i prawna, których zadaniem będzie troska o zgodność dokumentów synodalnych z nauczaniem Kościoła i obowiązującym prawem. Przewodniczącym komisji teologicznej został ks. Jacek Froniewski, kanclerz Kurii Metropolitalnej, a przewodniczącym komisji prawnej ks. Piotr Żuber, sędzia sądu duchownego. Obydwaj należą do Komisji Głównej Synodu.