Metropolita wrocławski postanowił swój jubileusz posługi biskupiej świętować razem z klerykami Metropolitalnego Wyższego Seminarium Duchownego we Wrocławiu. Jubilat przyjął sakrę biskupią 4 lutego 2006 r. z rąk abp. Damiana Zimonia w archikatedrze katowickiej. Współkonsekratorami byli bp Stefan Cichy i bp Wiktor Skworc. Liturgii przewodniczył wówczas kard. Stanisław Dziwisz. Za zawołanie biskupie ks. Kupny przyjął słowa: Christus dilexit nos, czyli „Chrystus nas umiłował”.